Разошедшиеся пути членов "Тайной корпорации" неожиданно пересекаются на Зловещем острове, где таинственные события с привидениями угрожают покою курорта Спринг-Брейк. После двух лет разлуки, каждый из друзей получает приглашение от Эмиля Мондавариуса, хозяина острова, который стремится не только разгадать паранормальные явления, но и вновь объединить команду. Скуби Ду и его друзья, преодолевая старые разногласия, вновь берутся за расследование. Их совместные усилия не только помогают раскрыть тайны привидений, но и восстанавливают давние дружеские связи, доказывая, что настоящая дружба и командная работа способны преодолеть любые испытания.
Мэттью Лиллард долго и громко кричал, чтобы голос охрип до состояния, когда можно будет озвучивать Норвилла Шэгги Роджерса. Когда это не помогло, он просто заговорил голосом, уставшим от долгого крика.
Скраппи говорит голосом Скотта Иннеса, который озвучивал Скуби-Ду и Шэгги во многих экранизациях, начиная с анимационных комедий Джима Стенструма «Скуби-Ду на острове Мертвецов» (1998) и «Скуби-Ду и призрак ведьмы» (1999).
Режиссёру Радже Госнеллу хотелось, чтобы Дафну и Фреда играла семейная пара. Он сразу же остановился на Саре Мишель Геллар и Фредди Принце мл. Последний начал отнекиваться, но Госнелл его уговорил.
Поначалу предполагалось сделать фильм более мрачным – под рейтинг PG-13 (просмотр фильма не желателен детям до 13 лет). Норвилла «Шэгги» Роджерса предполагалось сделать наркоманом, у Велмы и Дафны были бы взаимоотношения на стороне, и в фильме присутствовали бы множественные отсылки к употреблению марихуаны.
Саре Мишель Геллар пришлось совмещать работу в проекте «Скуби-Ду» со съёмками в сериале «Баффи — истребительница вампиров» (1997-2003). Продюсеры обоих проектов договорились, что две недели актриса будет проводить в Лос-Анджелесе на съёмках сериала, а потом две недели в Австралии на съёмках «Скуби-Ду».