В мире, где чёрные дыры похищают планеты, две инопланетные дети начинают свою земную жизнь с крайне разных точек старта. Один — голубокожий мальчик с огромной лысой головой, посланный в спасательной капсуле вместе с верным роботом-прислужником, второй — ушастый розовощёкий малыш с пышной шевелюрой, одетый в белоснежный комбинезон. Оба приземляются в Метро Сити, но их судьбы различны: ушастый мальчик попадает в заботливую семью, принимая роль настоящего супергероя, тогда как его голубокожий сверстник оказывается за забором городской тюрьмы для криминальных талантов, где быстро усваивает уроки о тонкой грани между добром и злом. Пересекаясь в школе, где ушастый мальчик блистает как безупречный герой, голубокожий подросток решает, что его путь — стать антигероем, превосходящим всех в своём злодействе.
На ранних этапах производства лента носила название «Master Mind». Но позже, ввиду разногласий с компанией Marvel, которая уже зарегистрировала подобное словосочетание как товарный знак, название фильма пришлось сменить.
«Мегамозг» стал первой картиной DreamWorks, сделанной в формате HDR (High Dynamic Range).
В сцене дождя участвовали 700 000 смоделированных по всем законам физики капелек воды.